V roce 1498 zde na své cestě do Indie přistál Vasco de Gama. Tuto událost připomíná bílý sloup na skalisku nedaleko mola, portugalský hřbitov a malý kostelík.
Před Portugalci zde už v 9. století existovala rybářská vesnice. Během 14. století se z Malindi již stalo důležité obchodní centrum východoafrického pobřeží, které v té době svádělo boj s Mombasou o pozici hlavního přístavu v oblasti. Zajímavostí je, že na začátku 15. století zde připlulo také čínské loďstvo Čeng Chea.
Ve Starém městě se zachovalo mnoho památkově cenných domů, včetně mešity a paláce na pobřeží. Jižně od města leží zbytky města Gedi.
Dnes však turisty lákají nádherné prosluněné pláže. Malindi je oblíbeným místem milovníků průzračného moře, afrického slunce a vodních sportů. Největším lákadlem turistů jsou překrásné korálové útesy v mořských národních parcích Malindi a Watamu.