Markézy byly objeveny z celé oblasti Francouzské Polynésie nejdříve. Mořeplavec Magellan zde plul již v roce 1520, ale nezakotvil zde a tak je objevení ostrovů přisuzováno Španělu Álvaru de Mendaña de Neyra. To byl navigátor kapitána Quirose. 21.července 1559 vystoupil na ostrově Fatu Hiva. Nevylodil se však kvůli potyčkám s místními domorodci. Po další plavbě dorazil na další ostrov Tahuata, kde nakonec zakotvil v zátoce Vaitahu, kterou pojmenoval „zátoka de Madre de Dios“ (zátoka Panny Marie).
Mnohem později, až v roce 1774, se zde zastavil Angličan James Cook a několik dnů pobyl v zátoce Vaitahu na Tahuata.
V roce 1791 Francouz Etienne Marchand, obsadil severní souostroví, vylodil se na Ua Pou a 22. června jménem krále Ludvíka XVI. pokřtil ostrovy na Ostrovy revoluce.
Ve stejné době obeplouval severní ostrovy Eiao, Nuku Hiva, Ua Pou a Ua Huka americký mořeplavec Ingraham, ale žádný z ostrovů nebyl trvale obsazen.
Historická kresba heiau na Markézách
Misionáři se pokoušeli místní obyvatelstvo evangelizovat, ale to se setkalo s odporem a všichni misionáři z ostrovů před domorodci raději utekli.
I Američané se pokoušeli ostrovy obsadit.V roce 1813 chtěli v zátoce Taiohae postavit vojenskou základnu a ostrov Nuku Hiva měl být připojen k americké unii. Ale ani tento pokus o obsazení ostrova nebyl úspěšný. Až v roce 1838 kapitán Dupetit-Thouars na lodi Venus vylodil na ostrově Tahuata katolické kněze a ti zde zůstali až do roku 1842 a 1. května byly Markézy obsazeny.
Největší vliv na místní společnost a kulturu měli katoličtí misionáři. Katolická církev se zasloužila největší měrou o to, že původní obyvatelstvo přišlo o své původní náboženství a rozpadla se kmenová společenská struktura.
Markézské ostrovy dnes
V roce 1978 vznikla asociace Motu Haka, která si vytyčila za svůj cíl obnovu markézského kulturního dědictví a zachování jazyka. Zasadili se o to, aby v roce 1985 byla markézština vyučována na školách. Všichni obyvatelé jsou proto dnes již schopni se dorozumět dvěmi jazyky – markézštinou a polynéštinou.
Socha tiki na pobřeží ostrova Nuku Hiva na Markézách
Motu Haka začala organizovat kulturní festivaly se starými zvyky a tradicemi. První se konal v roce 1987 na ostrově Ua Pou, a pak vždy za dva roky na dalších ostrovech Nuku Hiva a Hiva Oa.
V roce 1980 Francie znovu obrátila svou pozornost na Markézy. Byla zavedena letecká linka z Papeete na ostrově Tahiti na Nuku Hiva a Hiva Oa. To odstartovalo budování infrastruktury, výstavbu škol, ošetřoven a malých mazutových elektráren.
