Největší přístav a současně hlavní město ostrova Samos (nové město) nese označení také Vathy (staré město), najdete v zátoce na severovýchodě území. Procházka malebnými uličkami plnými květin a omamných vůní se stane nezapomenutelným zážitkem. Kromě restaurací, taveren, kaváren a dalších turistických možností tu můžete v archeologickém muzeu spatřit vzácnou více než pětimetrovou chrámovou sochu. Zajít můžete také do městské galerie nebo navštívit některé z muzeí. Na Pythagorově náměstí se můžete osvěžit v některé z kaváren, restaurací nebo taveren. Uprostřed náměstí se stojí socha lva.
Hlavní město Samos (Vathy) leží na severovýchodě ostrova a je zároveň největším ostrovním přístavem. Město se dělí na starou historickou část Vathy a novou moderní Samos. Rozprostírá se kolem krásného zálivu. Jeho tradiční řecké domky jsou postaveny na kopcích. Příliv turistou do tohoto krásného místa stoupá každým rokem. Město si však zatím stále zachovává dlouholeté tradice. Hlavním městem je od roku 1832.
Samos (Vathy) je správním, kulturním a obchodním centrem ostrova, jsou zde soustředěny veškeré služby. Ve městě najdete bankovní instituce, lékárny i hotely s dostatečnou kapacitou ubytování. Funguje tu rovněž hromadná doprava. Najdete tu muzea, markety, butiky, klenotnictví, obchůdky se suvenýry a tradičním zbožím místní produkce.
Město má jedinou pláž, jež je pokryta oblázky. V blízkosti však najdete i malé zátoky s plážičkami, které čekají jen na vás. Jedna z nich je Psili Ammos, kvalitně vybavená pláž s nabídkou vodních sportů.
Nejrušnější část města je podél pobřežní promenády, kde se nachází centrální Pythagorovo náměstí, několik velkých kostelů – metropolitní chrám, kde sídlí biskupství, římskokatolická katedrála, Muzeum sakrálního umění, významné Archeologické muzeum. Milovníci archeologie si mohou v Archeologickém muzeu prohlédnout velmi unikátní nálezy z naleziště Heraionu, kromě jiného mramorovou sochu mladíka – 4,8 m vysoké kúros nebo sochu ženy v nadživotní velikosti. Stará část města Vathy nabízí malebné uličky, tradiční domky vystavené ve svazích nad zátokou Vathy i množství malých obchůdků, taveren a kaváren.
V noci se zejména mladí turisté ve městě pobaví v diskotékách a klubech, které mívají otevřeno do časných ranních hodin. Komu tato zábava nevyhovuje má jiné možnosti – krásné jsou romantické procházky po západu slunce po pláži nebo po městě, kde lze posedět v příjemných kavárnách u pobřeží.
Z hlavního města se dají organizovat poznávací výlety po celém ostrově. Jen několik kilometrů od města najdete chrám bohyně Héry. Asi 5 kilometrů od města stojí kaple Paraskeví s baptisteriem. Pro pěší turistiku jsou ideální výlety do zelených kopců. Při dlouhých vycházkách narazíte na okolní vesnice Kamara nebo Agia Paraskevi.
Pokud si půjčíte automobil, můžete navštívit například klášter Zoodochos Pigi, založený v roce 1756. Nachází se asi 11 kilometrů severovýchodně od hlavního města. Naskýtá se odtud krásný výhled na severní pobřeží ostrova. Západní pobřeží je dosažitelné pouze terénními vozidly.
Procházka krásným městem Pythagorion vám poskytne nezapomenutelné zážitky.