Archeologické muzeum v městečku Pythagorion se neustále rozrůstá. Bylo zřízeno v přístavu Pythagorion. Jsou zde vystaveny zkameněliny, které dokládají život na ostrově již v době před mnoha miliony let.
Je umístěno v budově místní radnice. Vystaveny jsou sochy, keramika, zbytky starobylých budov a chrámů.
Otevřeno je každý den kromě pondělí. Vstup do muzea je zpoplatněn.