Pythagorova jeskyně se nachází v jihozápadní části ostrova Samos, nedaleko vesnice Marathokampos, ve skále hory Kerkis.
Říká se, že tu pobýval a studoval sám Pythagoras, když se ukrýval před krutým vládcem Polykratem.
Jedná se vlastně o dvě jeskyně a dvě kapličky.
K jeskyním vede poměrně strmá cesta, avšak v cíli vám bude odměnou nádherný výhled.