Záliv Ha Long je natolik členitá, že zde naleznete celou řadu jeskyní. Mnohé z nich jsou jen úzké pukliny ve skále, některé jsou však hlubší. Ty nejznámější jsou dvě (viz níže, leží blízko sebe), nicméně v zálivu Ha Long jich najdete mnohem více, ideálně v rámci některého z výletů, který zde můžete zakoupit.
Jeskyně Thien Cung
Cesta k jeskyni vede hustým lesem. Po projití úzkou bánou se objeví 130 metrů dlouhá jeskyně s krápníkovou výzdobou. Východní stranu jeskyně tvoří impozantní obrazy postav z hrdinských příběhů. Na severní straně jeskyně je vyobrazena skupina tančících víl. Při průchodu jeskyní ještě objevíme tři malé rybníky s čistou vodou.
Jeskyně Dau Go
Jeskyně je vysoká asi 25 metrů. Stovky krápníků spadají ze stropu jako vodopád.