K nejvýznamnějším památkám města Herákleion patří archeologické muzeum. Stojí ve východní části starého města a je jedním z největších na ostrově. Jsou zde uloženy velkolepé nálezy z paláců a obytných staveb z Knossu, Festu, z vily Avia triáda a z ostatních krétských archeologických lokalit. Nacházejí se tu exponáty, které dokumentují bohatou vrcholnou předřeckou dobu z 5. tisíciletí před naším letopočtem.
Rozhodně se zde zaměřte na následující objekty:
- Tenkostěnná „skořápková“ keramika. Tato jemná keramika pochází z takzvaného období prvních paláců. Stěny nádob jsou silné maximálně jeden milimetr.
- Průčelí minojských budov. Jsou vyobrazeny na majolikových destičkách, s jejichž pomocí získáte představu o vzhledu minojských měst.
- Disk z Festósu. Hliněný kotouč z období 2000 – 1700 před naším letopočtem, je z obou stran pokryt znaky, které nebyly dosud rozluštěny.
- Hadí bohyně. Obě sošky představují ženské postavy s odhalenými ňadry, které drží hady v rukou. Pochází z takzvaného období druhých paláců.
- Rhyton. Pohár z černého steatitu má podobu hlavy býka s očima z horského křišťálu a jaspisu a pozlacenými rohy. V šíji a pod tlamou ční otvory. Sloužil zřejmě jako kultovní nádoba (snad na krev) k pití.
- Krétská písma. Příklady ještě nerozluštěného lineárního písma A a lineárního písma B, které ho někdy kolem roku 1450 před naším letopočtem nahradilo a bylo již v roce 1952 rozluštěno.
- Váza s žencem. Nádoba ze stealitu s reliéfem zobrazujícím muže na cestě domů po práci na poli.
- Minojské fresky. Světoznámé, 3500 let staré nástěnné malby zobrazující zvířata i rostliny, muže i ženy, procesí i kultovní slavnosti. Pocházejí z paláců a vil v Knóssu a Amnisu, Agia Triáda a Tílissu. Velké části, rozpoznatelné od originálních, jsou rekonstruované.