Kromě archeologického muzea v hlavním městě Naxos, se nachází ještě jedno archeologické muzeum ve vesničce Apiranthos.
Sbírky v tomto muzeu shromažďují objekty nalezené na různých místech ostrova Naxos. K nejdůležitějším exponátům patří starobylé vázy, keramika, nádobí, fragmenty budov a kovové nářadí.