Keňa je zemí s velmi dlouhou historií. Dějiny lidstva se začaly psát právě na tomto území. Najdeme zde úchvatné ruiny nedaleko Watamu s pobořeným městem Gedi ze 13. století. Zajímavé ruiny leží mezi Mombasou a Malindi, jmenují se Mnarani. Mnarani bylo jedním z mnoha svahilských městských států, které se v Keni kdysi vyskytovaly.
První obyvatelé přišli do Keni okolo roku 1000 př.n.l. První obyvatelé žili v kmenových svazech a jejich život byl provázen častými boji o moc mezi jednotlivými kmeny. V 8. století našeho letopočtu se zde začali objevovat Arabové, kteří sem spolu s obchodem zanesli muslimské náboženství. Roku 1505 připluli Portugalci, kteří dobyli Mombasu, ale byli Araby vytlačeni. V 18. století vtrhli do země Masajové, ale asi kolem roku 1830 byl jejich postup zastaven, když narazili na odpor Kikujů.
Až do 19.století bylo jediným známým územím Keni v podstatě pouze 500 km dlouhé pobřeží s bílými plážemi, které je od Indického oceánu odděleno souvislým pásem korálových útesů. Od středověku tu kupci z Evropy, Asie a Arabie hledali otroky a slonovinu. Někteří se tu usadili a dnešní obyvatelé pobřeží Svahilci jsou míšenci arabské a černošské populace.
Teprve na konci 19.století se britští cestovatelé odvážili do nitra země. Především hledali novou cestu z pobřeží do britského protektorátu v Ugandě. Roku 1887 zanzibarský sultán poskytl část pobřeží Britům a roku 1901 byla vybudována železnice z Mombasy k Viktoriinu jezeru. Bílým osadníkům se v horách líbilo a roku 1920 se Keňa stala britskou kolonií.
Britové, taky velice rychle přišli na to, že zdejší půda je velice úrodná a proto se do roku 1914 usadilo na území Keni několik tisíc britských farmářů. Přivlastnili si velké pozemky dobře zavlažované a úrodné sopečné půdy v oblasti zvané White Highlands, jež dříve vlastnili Kikujové a Masajové, a začali pěstovat kávovník. Zášť vyvolána touto kolonizací propukla v roce 1952, když povstalci hnutí Mau Mau zahájili ozbrojený boj. Právě káva byla zdrojem dalšího útlaku a bitev. Arabové, kteří měli na kávu monopol několik století, zabili a zotročili mnoho tisíc Keňanů. Příchod bílých osadníků do regionu znamenal další konflikty.
Svou nezávislost získala Keňa 12.prosince 1963. Prvním prezidentem se stal Jomo Kenyatta. Založil Keňský africký národní svaz (KANU), který byl jedinou stranou až do roku 1991, kdy byly povoleny i opoziční strany. I přes četné snahy přeběhlíků a rebelů, kteří se snažili stranu zničit, si udržela vládu až do roku 2002. Tou dobou byl, již prezidentem Daniel Arap Moi.
Arap Moi, byl příslušníkem kmene Kalendžinů a to nemohly přenést přes srdce Kikujové, kteří dlouhou dobu hrály prim v politickém životě. To byla také jedna z příčin , jež v letech 1992-93 vedly ke krvavým střetům mezi těmito dvěma kmeny, při nichž zahynulo 365 osob.