Soukromé nemocnice a polikliniky jsou v Indonésii na dobré úrovni a velmi dobře technicky vybaveny. Všechny lékařské úkony se poskytují na komerčním základě. Platba je požadována ihned, buď v hotovosti, nebo kreditní kartou. Pokud máte cestovní pojištění (což vřele doporučuji) a budou po vás chtít platbu předem, kontaktujte asistenční službu své pojišťovny a domluvte se s nimi, jak nejlépe postupovat. Bude se vám to hodit především v případě, kdy by po vás chtěli předem vyšší částku než máte k dispozici. Často asistenční služba pojišťovny dojedná to, že nebudete muset platit dopředu nic.
Státní zdravotnictví má nízkou úroveň.
Doporučuje se očkování proti virové hepatitidě A (B při delším pobytu, vysoce endemická je i virová hepatitida E), poliomyelitidě a břišnímu tyfu. K získání pracovního povolení musí mít cizinec potvrzení o negativním výsledku testu na HIV.
Dále se doporučuje očkování proti meningokokové meninditidě, choleře, vzteklině, záškrtu, japonské encefalitidě a černému kašli. Nicméně myslím si, že tato očkování nejsou při běžné turistické cestě potřeba. Pokud se však chystáte do odlehlých končin, je vhodné aspoň některé z nich zvážit (např. vzteklinu, která je při rychlém nepodání séra smrtelná).
Na celém území Indonésie, s výjimkou Jakarty, větších měst a významných turistických center, je celoroční riziko nákazy malárií. Vyskytují se zde rovněž komáři přenášející horečku dengue. Výskyt této horečky vrcholí v zimním deštivém období. Doporučuje se proto v noci používat moskytiéru. Nespoléhejte však raději na moskytiéry, které jsou k dispozici v rámci ubytování (bývají staré, často potrhané) a vezměte si s sebou na dovolenou moskytiéru svou. Zabírá minimum místa. Případně si přibalte izolepu, kterou snadno zalepíte v moskytiéře díry.
Je nutná základní obezřetnost při konzumaci potravin a vody. Nikdy nepijte vodu z vodovodní sítě a nedoporučuji ani pít nápoje s ledem, vyhnete se tak zdravotním potížím (není nic „lepšího“, než strávit kus dovolené pobytem na záchodě a nebo s bolestmi břicha).
Mezi zvířaty je rozšířená vzteklina. Při pobytu v nepřehledném terénu hrozí uštknutí jedovatými hady, nicméně neděste se, za celou dobu naší cesty po Indonésii jsme hada v přírodě neviděli. Platí, že se lidí bojí ještě víc než my hadů, takže stačí být obezřetný a nevydávat se bez patřičného oblečení (nohavice, pevná obuv) do terénu s vysokou trávou atp.