A.R. Wallace, britský přírodovědec žijící v letech 1826 – 1913, stanovil pomyslnou linii – Wallaceovu linii – která vymezovala hranici mezi asijskou a australskou faunou. Ta prochází mezi ostrovem Bali a ostrovy Lombok, mezi Kalimantanem a Sulawesi a pokračuje na jih od Filipín a na sever od Havaje.
Wallaceova teorie vysvětluje přítomnost živočišných druhů, které žijí jak v Asii, tak v Austrálii a stejně tak i v Indonésii.
Wallaceova linie
Fauna
Ve východní Indonésii najdete faunu australského typu, v západní části je podobná fauně asijské. Na západě můžeme objevit tygry, medvědy, slony, buvoly, nosorožce, opice. Východní část obývají především ptáci. Na Irian Jaye žije i živočich australského typu – klokan stromový.
V přechodné zóně mezi východem a západem, zejména na Sulawesi, žijí endemická zvířata – černé opice makak, habitus, trpasličí buvoli anoa a lesní krocani.
Na ostrovech Komodo, Rinca a Padar našli domov proslulí komodští draci – Varanus komodoensis. Dorůstají až do délky tří metrů. Ostrovy Komodo byly vyhlášeny národním parkem a zapsány do seznamu UNESCO.
Komodský drak
Ostrovy Iria Jaya a Maluku jsou bohaté na exotické ptáky. Žijí zde například nelétaví velcí kasuáři.
V největším národním parku Indonésie – Mt. Leuseru – se vyskytuje dvourohý nosorožec.
Indonéský dvourohý nosorožec
Flóra
V Indonésii najdete široké spektrum rostlin co do velikosti druhů. Najít tu můžete jak drobné orchideje, tak i obří rostlinu rafflesii. Je to největší květina na světě, s květem o průměru téměř jeden metr. Jedná se o parazitickou rostlinu bez stonku a listů. Svými kořínky se přiživuje na kmenech, liánách nebo kořenech velkých pralesních stromů. V Indonésii se vyskytuje i mnoho druhů masožravé láčkovky či fosforeskující houby.
Kakaovník
Zemědělci zde pěstují kaučukovníky, kosové palmy, čajovníky, kakaovníky, kukuřici, koření, kapok, tabák, rýži a další plodiny. Indonésie je rovněž známá obrovskou zásobárnou dřeva. Vyskytuje se zde největší koncentrace tropických tvrdých dřevin na celém světě. Vyváží se dřevo ze stromu meranti, ramin, akát, týk, borovice, ratan a bambus.
V Indonésii je 5. listopad vyhlášen Dnem flóry a fauny. Národním zvířetem je komodský ještěr Varanus komodiensis.
