Ostrov je dostupný pouze trajektem, jenž vyplouvá z Thráckého přístavního města Alexandropouli. Denně odplouvá na ostrov a zpět jeden trajekt. V pátek a o víkendech a také v letní sezoně jsou vypravovány trajekty dva. Doba plavby trvá přibližně dvě a půl hodiny. Poplatek za přepravu činí okolo 13,50 euro za osobu (dítě od čtyř do deseti let 6,70 euro), auto nad 425cm 69 euro, malá auta 55 euro, obytné karavany 14 euro/m.
Trajekt na ostrov Samothraki
Pro kratší pobyt na ostrově je výhodnější cestovat bez auta, které si můžete zapůjčit na místě. Výhodné je také využívání místní taxislužby a veřejné dopravy.
Do pevninského přístavu Alexandropouli se dostanete po dálnici Egnatia Odos z Thesaloniki. Město je dostupné také vlakem a letadlem.
