Kostel svatého Marka (Ágios Márkos) stojí naproti Morosiniho kašně. Byl postaven Benátčany v roce 1239. V době benátské nadvlády byl sídlem latinského biskupa. Sloužil také jako dvorní kostel a byli zde také pohřbeni někteří členové vévodovy rodiny. V letech 1303 a 1508 byl při zemětřesení silně poškozen.
Kostel svatého Marka (Ágios Márkos) v Herákleionu
V době turecké nadvlády byl změněn na mešitu Defterda a ke svému účelu sloužil od roku 1669 do roku 1915. Původní zvonice vpravo od kostela byla Turky nahrazena minaretem, z něhož dnes zůstaly zachovány pouze základy. Obě postranní lodě baziliky jsou spojeny šesti arkádami na pěti sloupech ze zeleného mramoru. Na severní straně zůstal zachován krásný portál s gotickým obloukem. Turisté zde mohou obdivovat kopie fresek ze známých krétských kostelů.
Po rekonstrukci a zrestaurování v roce 1960 dnes slouží jako místo pro výstavy a kulturní představení.
